En 2016 la Santa Sede inició una investigación canónica para investigar al Fundador del Instituto, el sacerdote Roberto Juan Yannuzzi. El proceso fue iniciado por las autoridades de Miles Christi, quienes oportunamente informaron a la autoridad competente (Archidiócesis de La Plata, Argentina) de las irregularidades, abuso de autoridad en su gobierno y abuso sexual con adultos cometido por el Yannuzzi. La autoridad diocesana, a su vez, informó a la Santa Sede.
En febrero del año 2020, el Papa Francisco impuso la dimisión del estado clerical al sacerdote Roberto Juan Yannuzzi, fundador y superior del Instituto Miles Christi en Argentina.
A través de un comunicado, el Arzobispado de La Plata explicó que la decisión del Papa Francisco se funda en que Yannuzzi “ha sido hallado culpable de los delitos contra el sexto mandamiento con adultos, de absolución del cómplice y de abuso de autoridad”
